新光历238年。由人类、新人类、机兵这三个种族组成了在行星之间飞行的船团，通称“神谕”。如今他们迈向了外宇宙，穿梭在无数的银河之中。一旦在外宇宙发现了新的行星，就会派遣“Arks”做为调查队降落至行星，展开调查及交流。这个为了歼灭潜伏在许多星球上、名为“达卡”的生命体所创立的组织，在和平造访宇宙之前，他们的旅程将会继续下去……现在，新人Arks“亚修”即将朝向广大的宇宙跨出第一步——
亚修和亚方终于平安地从造成许多人牺牲的新人训练中生还。首次以Arks的身份开始执行任务的两人和在进行新人训练时拯救的神秘少女玛特伊一起再次造访了那贝利乌斯。三人跟随着指挥官可哈娜开始歼灭在那贝利乌斯上活动愈发频繁的达卡。然而，他们却在途中遭遇到了新的威胁……
正当一行人在行星那贝利乌斯执行任务时，亚修与最强的Arks“六芒均衡”六名成员之中的其中一名少女相遇，并且得知了Arks和“黑暗法尔斯”过去曾经发生过战斗的历史……
