地球毁灭后,作为时钟机关之星再生已经过了1000年了。某天的区划·东京,是个机械宅且过着被时钟和齿轮包围的生活的见浦直人的家中,一个黑箱突然降了下来——!从中发现的,是美少女自动人形琉珠。虽然想尝试依靠“声音”来修理因故障而无法动弹的她,但…。
“1级技师行会”的天才技师玛丽·蓓儿·布列格为了调查京都大支柱的异常而被派遣,然而却察觉到了军队可疑的动作。另一方面,琉紫作为转学生来到了在直人的高中。对于不起眼的直人与美少女琉紫的组合全校发生了大骚动…!?
玛丽目击到了本该故障的琉紫动起来的姿态。得知了修理琉紫的人是直人,为了回避京都的崩落便提出协助。然后在去往大支柱时,玛丽注意到了想要陷害自己的黑幕的存在…。