擅长玩弄机械的高中生·高槻手纲,过着奔跑于修理委托的日常。一天,因大学部的准教授·槇原长政的委托,去访问他的研究室。那里有一个在床上一直沉睡的少女。如同被什么引导一般触碰到她的指尖的手纲,听到了从某处倾注而下的声音——。
手纲在异质的世界──金字形神塔中,第一次经历了Handshaker的战斗。身旁则有着与手纲握手之后苏醒过来的芥川小代理的身影。据说只要手纲放手她便会死去。手纲突如其来遇上种种事件,难掩不知所措的模样。而槙原则告诉那样的他惊人的事实。
手纲跟小代理在槙原的研究室做完定期健检。手纲问了接下来的行程,表示有想尝试的事,小代理对此露出不可思议的表情。另一方面此时三津寺千鹤与东飒,为了做引进店铺的说明,造访了某个地方。那里正是手纲就读的学校——。