1945年秋天,扶桑的魔女宫藤芳佳来到赫尔维希亚。在第501统合战斗航空团再集结的期间,在医学院进行短期留学。非常努力地学习的宫藤,忙到完全没自己的时间。某日,认识了一位新的朋友,名叫阿尔特娅的少女,来到图书馆找到正在读书的她。“芳佳小姐,您有客人喔。”就这样通知她的阿尔特娅背后站立的,是位宫藤非常熟悉的人。
知道低地国的安特卫普有异变发生,而飞往现地的宫藤。在那她看到了巨大的涅洛伊,即将逼近城市。应该是恢复和平的土地,却出现了涅洛伊,受到如此冲击的宫藤,决定要守护百姓,执意一人面对迎战。“不可以去啊!”面对周遭要塞和战列舰的攻击依然前进的强力涅洛伊,到底她能不能打倒它呢?
新加入第501统合战斗航空团的服部静夏。个性认真的她,却一直紧张出差错,弄到自己快没自信了。而在内心支持她的人,就是站在旁边让她憧憬不已的宫藤芳佳。“我要和宫藤一起飞!从今以后也要一直和宫藤在501!”但是在莉涅和贝鲁尼他们的训练当中,宫藤的身体却发生了意想不到的事。