新故事发生在22世纪的地球，大规模战争虽然没有爆发，但各地也已经频频发起战乱。而就在这些地方，一个帮助弱者的巨大机器人——被人们誉为“神一样存在”的“断空我NOVA”，出现了。不过奇怪的是，“断空我NOVA”真正存在的意义就连身为驾驶员的那四个人也不知道。与此同时，曾是“断空我NOVA”宿敌的机器人也突然降临，向地球袭来。“断空我NOVA”开始展现出原有的力量拯救地球。
22世纪，世界各地爆发着局部性战争。战乱中，总是扶持弱者、打击强方来平衡战局的神秘机器人，它的名字叫做“断空我NAVO”（ダンクーガノヴァ）。关于战争和断空我的报道沸腾，有四个年轻人——身为赛车手的飞鹰葵、公司职员的馆华库拉拉、禁药搜查官的乔尼·巴捏特、流浪汉的加门朔哉突然被神秘隐身机传送到一个叫“龙牙岛”（ドラゴンズハイブ）的日本岛屿，这里是断空我的基地“巨龙之巢”。该组织的田中司令说要和他们签
对初战中断空我表现出的绝对力量感到兴奋不已，葵、库拉拉、乔尼、朔哉四人被告知，如果不答应做断空我的驾驶员，他们的相关记忆就要被消除。抱着摸索的想法，四人不约而同地回到龙牙岛基地。人工智能“维尔”（WILL）给四人说明断空我对于战场的必要性，他们发问自己为何被选为驾驶员的时候，突然收到俄罗斯车臣爆发武装冲突的消息，四人乘搭着D-凤凰出动了。面对数量占据优势的敌人，四人灵活地驾驶4个可变型兽战机追逼敌
正式签订契约的葵他们四人组成“断空D小队”（ダンクーガチームD），但对于自己为何会被选为驾驶员，这个疑问仍未得到详细的解释。D小队接到任务来到欧洲某岛国的战场，断空我NAVO和政府军的新型异型战斗兵器（ジェノサイドロンタンク）对峙。战斗中葵注意到3名解放军的小孩，他们被战乱形势所逼而加入军队守卫着国土。断空我的5分钟活动界限临近，高层人员F.S.（FogSweeper）向田中司令批下了被封印的必杀
