题目中的Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人，而主人公的大门界人则是Phi-Brain的候补者之一。在界人揭开贤者之谜和愚者之谜之后，便获得了“Solver”的指名。于是大门界人与青梅竹马的井藤野乃叶以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，与神秘团体POG和OrpheusOrder展开解谜对决。
为了找回真方仁丢失的记忆，界人一行踏上了解开谜题之旅。旅行途中，在以前与仁相遇的教会地下迷宫内，界人遇见了一位名为莱赛尔的少女。不知为何，这位少女似乎知道仁的事情。这位神秘少女的真实身份究竟是什么？
莱赛尔每打一次响指，雕像和房间都在旋转，知晓了谜题规律的界人推算出正确的门，千钧一发之刻，大伙儿安全逃出，为了让大家了解真正的真方仁，莱赛尔带他们来到一艘船上，巨大的屏幕上显示出众多人像，莱赛尔说这些都是被真方仁Masterbrain歼灭的解谜者，突然银屏上显示出丘比克等人和一名Masterbrain的对决现场，所幸他们成功解开谜题，莱赛尔遵守约定，将仁交给了界人。
莱赛尔转到root学园这件事，让住门觉得仁很可疑，但界人却说是仁融化了他的冰冷黑暗的心，因此对仁深信不疑，这时，一个自称是仁的冒牌货带着由华容道和迷宫所组成的混合谜题向界人发出挑战，在界人就要到达出口时，这位masterbrain却使用卑鄙手段让迷宫倾斜，但即便如此，界人还是解开了谜题。
